1、一般情况下，每天服不超过3克的情况下，对大多数人来说都是安全的，不会出现任何深海鱼油的副作用。
2、服用深海鱼油剂量过高，会导致血液不易凝结，增加出血的风险。可能会出现的深海鱼油的副作用有：嗳气，口臭，胃灼热，恶心，稀便，皮疹和流鼻血。
3、随餐服用深海鱼油补充剂，往往可以减少这些副作用的产生。
4、某些鱼类，特别是鲨鱼、鲭鱼和养殖鲑鱼，可能会受到汞和其他化学品的污染。因此，选择鱼油类补充剂时，要选择纯度高，提取自深海无污染鱼类的鱼油产品。
5、摄入高剂量的鱼油可能会增加肝病患者出血的危险。
6、对鱼或海鲜过敏者。对鱼和海鲜有过敏症状的人，在服用鱼油补充剂进，也可能会出现过敏症状。因此，此类人群选择鱼油类产品时，需要谨慎。
7、躁郁症患者。摄入高剂量的鱼油可能会增加躁郁症患者的症状。
8、摄入高剂量的鱼油可能会加重抑郁症。
9、糖尿病。摄入高剂量的鱼油可能会使血糖控制更加困难。
10、家族性腺瘤性息肉。摄入高剂量的鱼油可能会进一步增加家族性腺瘤性息肉患者的癌症风险。